Antichissima sede agostiniana, famosa per la cappella Ovetari, capolavoro del Mantegna
La chiesa, iniziata nelle forme attuali nel 1276 su precedenti antichissime strutture, è dedicata ai Santi Filippo e Giacomo, ma è tradizionalmente conosciuta come degli Eremitani in quanto l'annesso convento con foresteria, che oggi ospita il Museo Civico agli Eremitani, era meta dei pellegrini di passaggio. Sul fianco della facciata rimangono le tracce della porta d'accesso all'area conventuale, con i segni della campanella di richiamo.
L'originale copertura lignea (1306) è attribuita a frate Giovanni degli Eremitani, monaco del convento noto per aver realizzato la grande copertura del Palazzo della Ragione.
La chiesa è un tipico esempio di edificio dell'ordine Agostiniano: un'unica grande aula (detta anche a granaio) adatta alla predicazione. Francescano è l'impianto architettonico, per la semplicità dovuta principalmente al contenimento dei costi di costruzione, ma non mancano accenni gotici.  L'edificio, pur avendo subito alcuni cambiamenti nei secoli XIV e XVII e durante la seconda guerra mondiale, conserva ancora il fascino delle chiese conventuali trecentesche.
La facciata, del 1360, è divisa orizzontalmente in due parti: una inferiore in pietra, con portale al centro e quattro archi ciechi ai lati (particolare tipico dell'architettura padovana del tempo che serviva per predicare ai fedeli riuniti nel sagrato); una superiore in cotto, di impronta tardo-romanica, con lesene ad archi, un rosone centrale e un fastigio ornato da archetti pensili.
L'interno si presenta a una sola spettacolare navata, con il soffitto ligneo e le pareti ornate dall'alternanza di fasce di mattoni rossi e ocra. All'ingresso della chiesa due sepolcrii: a sinistra quello di Jacopo da Carrara, con un'iscrizione dettata dal Petrarca, e a destra quello di Ubaldino da Carrara, entrambi signori della Padova trecentesca. Proseguendo lungo la parete di destra, dopo un altare barocco, incontriamo la Cappella del Sacro Cuore con affreschi di figure a mezzo busto rappresentanti le Virtù e le Arti Liberali di Giusto de' Menabuoi e tre cappelline in cui recenti restauri hanno portato alla luce alcuni frammenti di affreschi trecenteschi.

La Cappella Ovetari
La Cappella Ove tari fu fatta erigere da Antonio Ovetari e fatta affrescare dalla moglie dopo la morte del marito. L'incarico fu affidato a Giovanni d'Alemagna, Antonio Vivarini, Niccolò Pizzolo, Ansuino da Forlì e al giovane Andrea Mantenga, all'epoca diciassettenne e allievo dello Squarcione. Il bombardamento dell'11 marzo 1944 polverizzò la Cappella Ovetari e del Mantegna oggi rimangono solo i due riquadri inferiori della parete destra della Cappella: l'Assunta nell'abside e il Martirio di San Cristoforo, che staccati verso la fine dell'800, si salvarono fortunatamente al bombardamento.
Le altre cappelle
Dopo la Cappella Ovetari si apre la Cappella Dotto in cui rimane traccia di un affresco attribuito ad Altichiero. Nella Cappella Maggiore, corrispondente al Presbiterio, rimane, sulla sinistra, la parte superstite del ciclo di affreschi raffiguranti le Storie di S. Agostino, San Filippo e San Giacomo minore del Guariento, a cui collaborò anche Niccolò Semitecolo, i quali realizzarono anche il Crocifisso del 1370, dipinto a tempera su tavola.
A destra Cristo incorona la Vergine del Guariento.
Segue la Cappella Sanguinacci con il sarcofago di Ilario Sanguinacci, una tra le opere più riuscite dello scultore trecentesco Paolo Jacobello. Nella parete di destra in alto Madonna in trono col Bambino in piedi, tre santi ai lati e un offerente inginocchiato attribuita a Giusto de' Menabuoi. Anche la Sacrestia conserva importanti opere d'arte, tra cui un affresco di Altichiero.

Orari:
invernale - festivo 10.00 – 13.00 / 16.15 – 19.00 – feriale 8.15 – 18.15. 
Estivo – festivo 10.00 – 13.00 / 16.00 – 19.00 – feriale 08.15 – 18.45